La Peugeot 406 diesel a été produite en plusieurs motorisations :
- 1.9 Diesel, ou Turbo Diesel
- 2.0 HDi 90cv ou 110cv
- 2.1 Turbo Diesel 110cv
- 2.2 HDi 136cv
Certaines versions 2.0 et 2.2 HDi sont équipées depuis 2001 d'un filtre à particules combiné à un catalyseur afin d'améliorer les émisions de gaz et rejets de particules.
La faiblesse du catalyseur d'origine sur le Peugeot 406, vient souvent du flexible équipant les versions 2.0 HDi et 2.2 HDi. Le flexible permet de réduire les vibrations sur la ligne d'échappement, mais l'usure normale abouti dès 180.000Km à une fuite sur le flexible. Le remplacement du catalyseur est alors inévitable.